Dalam melaksakan tugasnya KPPBC Tipe Madya Pabean C Bojonegoro menyelenggarakan fungsi :

1. Pelaksanaan pelayanan teknis di bidang kepabeanan dan cukai;
2. Pelaksanaan pemberian perijinan dan fasilitas di bidang kepabeanan dan cukai;
3. Pelaksanaan pemungutan dan pengadministrasian bea masuk, cukai dan pungutan negara lainnya yang dipungut oleh Direktorat Jenderal Bea dan Cukai;
4. Pelaksanaan intelijen, patroli, penindakan, dan penyidikan di bidang kepabeanan dan cukai;
5. Penerimaan, penyimpanan, pemeliharaan dan pendistribusian dokumen kepabeanan dan cukai;
6. Pelaksanaan pengolahan data, penyajian informasi dan laporan kepabeanan dan cukai;
7. Pengelolaan dan pemeliharaan sarana operasi, sarana komunikasi, dan senjata api;
8. Pengawasan pelaksanaan tugas dan evaluasi kerja; dan
9. Pelaksanaan administrasi Kantor Pengawasan dan Pelayanan Bea dan Cukai.