Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor: 188/PMK.01/2016 tentang  Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Bea dan Cukai,  KPPBC Tipe Madya Pabean C Bojonegoro dipimpin oleh seorang Kepala Kantor, dengan susunan organisasi terdiri atas :

1. Subbagian Umum, terdiri atas :

  • Urusan Tata Usaha dan Kepegawaian;
  • Urusan Keuangan; dan
  • Urusan Rumah Tangga.

2. Seksi Penindakan dan Penyidikan, terdiri atas :

  • Subseksi Intelijen;
  • Subseksi Penindakan dan Sarana Operasi; dan
  • Subseksi Penyidikan dan Barang Hasil Penindakan.

3. Seksi Perbendaharaan, terdiri atas :

  • Subseksi Administrasi Manifes, Penerimaan, dan Jaminan; dan
  • Subseksi Administrasi Penagihan dan Pengembalian.

4. Seksi Pelayanan Kepabeanan dan Cukai dan Dukungan Teknis, terdiri atas :

  • Subseksi Hanggar Pabean dan Cukai; dan
  • Subseksi Pengolah Data dan Administrasi Dokumen.

5. Seksi Kepatuhan Internal dan Penyuluhan, terdiri atas :

  • Subseksi Kepatuhan Pelaksanaan Tugas; dan
  • Subseksi Penyuluhan dan Layanan Informasi.

6. Kelompok Jabatan Fungsional

Struktur Organisasi

KPPBC Tipe Madya Pabean C Bojonegoro